تتمثل مهمة المحافظة في المساهمة في تصميم السياسة الوطنية لتعزيز وتطوير الطاقة والتقنيات النووية وتحديد استراتيجية تنفيذها.

 ويتم تنفيذ هذه السياسة الوطنية لتطوير الطاقة والتطبيقات النووية من خلال برنامج بحث وتطوير غني، تتولى المحافظة تطويره وتنفيذه وتقييمه وتثمينه.

ومن خلال هذا البرنامج الذي تتكفل بإنجازه الأربعة مراكز البحث النووي الواقعة بالجزائر ودرارية وبيرين وتمنراست،

وتعمل المحافظة أيضا على تنمية المهارات والمعرفة والبنية التحتية المتخصصة المطلوبة في عملية تطوير وإتقان: 

• دورة الوقود النووي،
• تكنولوجيا المنشآت النووية،
• تطبيقات العلوم والتقنيات النووية في مجالات الطاقة والصحة والصناعة والزراعة والبيئة، …

ونظرًا لأن إجراء أي نشاط يتعلق بالطاقة النووية يجب أن يتم بالامتثال الصارم للأحكام التنظيمية، فإن مهمة المحافظة هي المساهمة في تطوير معايير السلامة النووية والفيزيائية والإشعاعية والتنظيم التقني العام المتعلق بالمنشآت النووية ومرافق إدارة المواد المشعة والتأكد من تطبيقها.

كما أن المحافظة مسؤولة أيضًا عن المساهمة في تنفيذ ومتابعة وتقييم التعهدات الناجمة عن التزامات الدولة فيما يتعلق بالاتفاقات الإقليمية والدولية في مجال الطاقة الذرية.